ソースをみてないのでjQuery.ajaxSetup()については深く追っていないのですが、結局今のところは以下のようにして対処することにしました。
jQuery(document).ready(function() {
jQuery('#main')
.ajaxSend(function(){
load_start();
})
.ajaxComplete(function(){
load_end();
});
});
これが処理としての良し悪しはちょっとわからないのですが、とりあえずdiv #main内でのAjaxリクエストに対して全てにフックするようになりました。